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MolPOV：将PDB文件转化为POV式文件的软件

Mol2Mol：分子文件式转换软件

PovChem：将PDB文件转化为POV式的文件

Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图

PLATON：通用结晶学软件工具

Mage：读取并演示Kinemage式文件的专用软件

Prekin ：将PDB式文件转换为Kinemage式文件

Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件

PCMoleeule2 Lite：查看PDB式文件的免费软件

JMVC：使用JA技术编写的三维分子查看器

ReView：读取及分析XYZ式三维分子文件

Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包

Moilin：分子构建与观察软件

Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模

Biodesigner：免费的分子建模与显示软件

MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件

Viewer Activex Control：三维分子显示控件

MarvinView：JA语言编写的化学分子二维与三维显示程序

ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件

Amira：高等三维显示建模系统

AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具

Visualize：分子建模和研究软件包

ScientificGL：COpenGLAPI三维分子开发工具

Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件

(2).DNA分析DNAClub：DNA处理软件

JaMBW：分子生物学软件包

DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包

pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图

ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件

RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具

Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具

DNAssist：DNA序列分析工具

DNAProbe：核苷酸序列设计工具

DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件

DFW：DNA分析软件

Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具 ’

ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器

GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析

RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件

Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件

MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表宏软件

基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件

ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件

MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具

GBuilder：JA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件

GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件

LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件

Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件

Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件

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