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DNA微矩阵（microarray）软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具

Beacon Designer

1.01 PCR定量分析分子信标(Molecular beacon )设计软件

NetPrimer

于WEB界面的引物设计程序，1.8M，包括JA程序和帮助文件，解压后，可在本地直接使用，不须再连到原始网站使用。

七、蛋白二级结构分析

ANTHEPROT 4.5

是位于法国的蛋白质生物与化学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟出未知蛋白的高级结构。

Peptool,

与genetool同出一家，可以进行氨基酸序列的二级结构预测，motif的寻找，酶切片断的分析，以及转录后的甲基化分析。是为数不多的蛋白分析软件。

VHMPT

MACAW

序列构建与分析工作台软件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一个用来构建与分析多序列片段的交互式软件。MACAW具有几个特点：

1. 新的搜索算法查寻类区，消除了先前技术的许多限制。

2. 应用一个最近发展的数学原理计算block类性的统计学显著性。

3. 使用各种视图工具，可以评估一个候选block包含在一个多序列中的可能性。

八、凝胶分析软件：

BandScan 4.30

通用的电泳胶条带定量分析软件，手动、自动找到条带，手动的条带可以是无规则的，可以清除背景。进行分子量、百分比、质量、波峰等方面的定量分析。直接使用扫描仪。将数据输出到excel文件。

band leader 3.0

小巧的凝胶图像分析软件。

TotalLab 2.0

是一个全智能化的凝胶分析软件，对DNA、蛋白凝胶电泳图像、arrays, dot blots与colonies等图像可以进行很方便的处理。功能齐全，很容易上手。

Quantityone ：

bio-rad公司的1d凝胶分析软件，但可配套各种产品，界面华丽，能够生成报告，具有大公司的风范。

QuantiScan 2.1

功能单一的1D凝胶分析软件，但经评测能够及其准确的测量出各个条带的分子量。

Gel-Pro Analyzer

Media Cybernetics公司的产品，一向以提供级的分析软件而著称。

SigmaGel 1.0

SPSS公司凝胶分析产品。

Melanie 3 Viewer

Swiss Institute of Bioinformatics (SI用来查看使用Melanie3软件获得的凝胶图片与相关数据，也包括一些有限的凝胶数据分析功能。

PDQuest 6.2.1

bio-rad公司一个分析2维凝胶并生成的标准软件。使用它，可以同时分析100个凝胶图像，生成包含1000个凝胶图像的。

九、三维结构显示

RasMol 2.7

是计算化学与分子图形学以及信息产业的同步高速发展的成果，使一个普通的科研工作人员，在自己的个人电脑上，就可以从Internet上的各种免费中，下载所需观察与研究的分子坐标文件，进而通过RasMol 2.7以各种模式、各种角度，甚至按照自己的意愿旋转着，观察此分子神秘的微观三维立体结构，进而了解化合物分子结构和各种微观性质与宏观性质之间的定量关系。RasMol 2.7的作者是Glaxo&Wellcome公司（世界第一大制药公司）研发中心的科学家Roger Sayle。 RasMol 2.7最大的特点是界面简单，基本操作简单，运行非常迅速，对机器的要求较低，对小的有机分子与大分子，如蛋白质、DNA或RNA, 均能适用，且显示模式非常丰富。而且它程序短小，功能强大。尚无在功能上出其右者。其显示窗口可以很简单通过选择相应的菜单来显示分子的三维结构。用命令行窗口，通过输入命令可以执行和显示复杂和要求极高的三维图形。

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