surfer_surfer12怎么使用_surfer软件(2)

GroupDescriptorFile 1

Title g3v1

Class AA

Class AB

Class BB

Variables Age

Input sub1 AA 22

Input sub2 AA 19

Input sub3 AB 20

Input sub4 AB 15

Input sub5 BB 22

Input sub6 BB 18

mris_preproc --fsgd g3v1.fsgd --target fsaverage --hemi lh --meas \thickness --out lh.thickness.00.mgz

mris_preproc --fsgd g3v1.fsgd --target fsaverage --hemi rh --meas \thickness --out rh.thickness.00.mgz

上面的命令把被试的皮层厚度数据按照g3v1.fsgd中的被试顺序排列成一个4D的文件,左右半球分别生成一个文件。但是这些数据没有进行smooth.然后我们进行10mm的smooth。可以用mri_info lh.thickness.00.mgz查看文件信息，如是不是有6个被试等。

mris_surf2surf --hemi lh --s fsaverage --sval lh.thickness.00.mgz --\fwhm 10 --cortex --tval lh.thickness.10.mgz

mris_surf2surf --hemi rh --s fsaverage --sval rh.thickness.00.mgz --\fwhm 10 --cortex --tval rh.thickness.10.mgz

生成的文件lh.thickness.10.mgz和rh.thickness.10.mgz是最重要的数据文件.可以用mri_info命令察看数据信息。

下一步就要进行数据统计，在进行数据统计之前，我们还要做一些准备，举上面的例子吧。我想要检验三组被试皮层厚度是否存在差异，总体被试的皮层厚度与年龄的关系，每个组被试的皮层厚度与年龄的关系，不同组被试年龄与皮层厚度的关系是否有差异。我要做这些统计分析，就需要有design matrix. freesurfer默认design matrix从文件中读取，这些文件叫做mtx文件。准备mtx文件需要首先计算回归子的数据，公式为：Nregressors = Nclasses*(Nvariables+1) = 3*(1+1) = 6.这里我们的有三组，一个连续变量。所以有6各回归子。

考察AA与AB的组间差异则为：1 -1 0 0 0 0

考察AA与BB的组间差异则为：1 0 -1 0 0 0

考察AB与BB的组件差异则为：0 1 -1 0 0 0

所有被试皮层厚度与年龄的关系：0 0 0 0.333 0.333 0.333

AA组内皮层与厚度的关系：0 0 0 1 0 0

AA组与AB组皮层与厚度关系是否存在差异：0 0 0 1 -1 0

AA组与AB和BB组皮层厚度与年龄的关系是否存在差异：0 0 0 1 -0.5 -0.5

现在我们准备好了上面的所有文件，分别命名为 1.mtx、2.mtx、3.mtx....... 7.mtx

终于可以最后统计了，命令如下 ：

mri_glmfit --y lh.thickness.10.mgz --fsgd g3v1.fsgd --C C1.mtx --C \C2.mtx --C C3.mtx --C .mtx .... --C C 7.mtx --surf fsaverage lh --\cortex --glmdir g3v1.lh

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