surfer_surfer12怎么使用_surfer软件

freesurfer是一个处理大脑3D结构像数据，进行自动皮层和皮下核团分割的工具，用起来非常方便。freesurfer wiki上的教程也非常详细，但是有一点，freesurfer的命令很复杂，很难准确地记住每个参数该怎么设置。本人比较懒，不愿记，也记不住，每次都需要打开wiki进行对照。由于wiki非常详尽，每次都是在一大篇英文中搜索命令。在这里弄一个简洁版，只把分析流程所用到的命令贴在这里，以便查阅。

一、数据处理

freesurfer分析3D，最好是原始的dcm数据，不要进行数据转格式转换和坐标变化，原始数据就可以。所以把数据放在sub1,sub2,sub3…….,这样我们就可以用循环来做了。我们的计算机中心用的是PBS的系统，进行并行运算:

#！/bin/bash

# SUECTS_DIR is where you want to put your result

SUECTS_DIR=your_subjects_path

imge=`ls your_subjects_path/sub1/*.IMA|head -n 1`

recon-all -s sub1 -i ${imge}

recon-all -all -s $sub1

这就是分析一个被试的代码，然后用前面介绍过的sed命令，把sub1替换成其他被试编号，就生成了其他被试代码。surfer然后 在端口敲入命令：sh 代码文件。数据就开始分析了。

二、数据检查

数据检查主要tkregister2、 tkmedit、tksurfer三个命令结合起来。但是在这种视觉检查以前，应该先看前面recon-all.log文件是否报错。可是recon-all.log文件好大了，怎么办呢，用grep命令，查找一下文件里面有没有”error”,并输出含有“error”的行数：

grep -n “error” recon-all.log

如果都没有错误，那就OK.另外还有一个命令也很有意思，会自动帮我们察看是否存在top错误：

mris_euler_number sub1/surf/lh.orig

mris_euler_number sub1/surf/lh.white

mris_euler_number sub1/surf/lh.pial

如果这三个命令生成的数字完全一样，就没有top结构问题，然后我们再进行视觉检查,首先检查register:

tkregister2 --mgz --s sub1 --fstal --surf orig

然后检查tkmedit 和tksurfer检查白质、灰质分割问题。

tkmedit sub1 brainmask.mgz rh.white -aux wm.mgz -aux-suce lh.white

tksurfer sub1 rh inflated

recon-all -subjid sub1

recon-all -autorecon2-cp -autorecon3 -subjid sub2

recon-all -aurorecon2-wm -autorecon3 -subjid sub3

recon-all -autorecon2-pial -autorecon3 -subjid sub4

数据重新算后，还要一个一个地进行视觉检查一下，才能进行下一步数据统计分析.

三、数据统计分析

开始进行数据分析了。首先把数据对齐到freesurfer自带的fsaverage空间上。数据跑完后，会自动出现在被试目录中。先把每个被试的数据叠加成一个4D的文件，而叠加顺序事先要设计好，把其他相关的变量也放进去。surfer这里举一个简单例子：三组被试，每组两个被试：AA型、AB型、BB型，另外还有被试年龄数据，那么这个文件内容如下：

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