简并引物_简并引物名词解释_pcr扩增

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是兼并引物，但兼并度有些高，根据物种亲缘关系，可降低兼并度，增加扩增目的片段的几率。

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您好，请问怎么对codehop设计得到的简并引物进行评估啊？选取75分以上的，上游有12条，下游有17条。

: Originally posted by 竹砚 at 2015-10-13 10:24:30

您好，请问怎么对codehop设计得到的简并引物进行评估啊？选取75分以上的，上游有12条，下游有17条。...

(⊙o⊙)…我能说我设计简并引物时是自己写算法的么？？

我不用codehop的~~评估的话PRIMER之类的软件应该可以吧？？

codehop相关参考文献见

: Originally posted by louis_cheung at 2015-10-13 13:25:28

(⊙o⊙)…我能说我设计简并引物时是自己写算法的么？？

我不用codehop的~~评估的话PRIMER之类的软件应该可以吧？？

codehop相关参考文献见

兼并引物用的酶有特殊要求吗？我之前用过文献里面的简并引物，用TAKALA的 rTaq酶进行PCR的，但是没有得到目的条带，请问您是用的什么酶呢？

: Originally posted by 竹砚 at 2015-10-14 10:51:25

兼并引物用的酶有特殊要求吗？我之前用过文献里面的简并引物，用TAKALA的 rTaq酶进行PCR的，但是没有得到目的条带，请问您是用的什么酶呢？...

一般正常的酶就行（如果模板和引物正常的话），我用PLATINUM Taq HIFI、TAKALA的 Primstar HS和GXL等，批不出来可能与模板和引物有关~你的模板和引物GC高吗？Tm是否合适？简并碱基数量及位置是否合适？

: Originally posted by louis_cheung at 2015-10-14 12:54:50

一般正常的酶就行（如果模板和引物正常的话），我用PLATINUM Taq HIFI、TAKALA的 Primstar HS和GXL等，批不出来可能与模板和引物有关~你的模板和引物GC高吗？Tm是否合适？简并碱基数量及位置是否合适？...

模板验证过了是没有问题的，引物的GC含量不太高，PCR的退火温度是根据引物合成单上的TM值试的梯度。不太明白您说的简并碱基的位置，引物序列是这样的：

上游引物：CCWCCWGTNCCWGTNCCWAARATHAARGG，下游引物:TCDATRTCCAGYTCDATRAAYTCNACCCA。简并引物

: Originally posted by 竹砚 at 2015-10-15 09:59:33

模板验证过了是没有问题的，引物的GC含量不太高，PCR的退火温度是根据引物合成单上的TM值试的梯度。简并引物不太明白您说的简并碱基的位置，引物序列是这样的：

上游引物：CCWCCWGTNCCWGTNCCWAARATHAARGG，下游引物:TCDAT ...

(⊙o⊙)…你这也太···太···

简并碱基也太多了吧？？还是平均分布的···

通常一条引物所含简并碱基一般不超过3~4个吧，这样PCR效果通常比较好~~如果简并碱基太多的话，尽量放在中间，至少远离3'端吧~~

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