可以看杂志的软件 新可视化工具使发表更具交互性再现性(2)

开源选择方案也可用于创建交互式图像，包括bokeh、htmlwidgets、pygal和ipywidgets等。这些大多数都是以编程方式使用的，通常在R或Python代码中使用，这在科学中应用地很普遍。例如，程序员可以使用ipywidgets将交互的三维绘图、地图和分子可视化到Jupyter记事本中。另一个用JavaScript编写的选择是Vega-Lite。由于该语言在科学上的使用度不那么广泛，加州州立理工大学的Brian Granger和西雅图华盛顿大学的Jake VanderPlas开发了一个叫作“Altair”的Python接口，使它变得更易访问。

这些工具中大多数都倾向于为特定的图表类型提供函数，Vega-Lite和Altair都类似于灵活的“语法”，它们可用于描述变量如何映射不同的视觉特性，如颜色或形状等。它们还让图表产生关联，如此一来当用户选择一个绘图区域时，其附近的显示就会相应地更新。华盛顿大学计算机学家Jeffrey Heer（其所在团队开发出Vega-Lite）说：“实际上，它可以让我们以多维方式探索相关性。”

另外两款产品则可以让研究人员创建可利用小部件的互动应用程序，如可用于混合数据、图表和代码的下拉菜单和滑块控件，包括马萨诸塞州波士顿的RStudio制作的用于R编程的Shiny以及Plotly的用于Python编程的Dash。它们通过把用户的小部件的动作传递给一台远程服务器起作用，远程服务器可运行基础代码并更新页面。

由此产生的应用程序可让那些不喜欢编程的研究人员获得相关数据和工具。例如，以色列特拉维夫大学Tal Galili与同事合作，开发了一个基于Plotly的工具箱，并据此从上传的数据集中构建交互式热地图，Shiny的一个界面可在幕后运行该代码。北卡罗莱纳州杜克大学统计学家Mine Cetinkaya-Rundel为本科统计学课程建立了Shiny资源，以帮助其在课堂上解释一些有难度的概念。“这种感觉非常好，把它停下来然后说，‘好，现在我们已经介绍完了，当我们移动小部件时会发生什么呢？’”她说。

大步向前

其他若干家杂志和出版商也在支持代码海洋的集成，包括GigaScience、IEEE、SPIE、剑桥大学出版社和Taylor&Francis等。《细胞生物学期刊》的JCB DataViewer基于开源性OMERO软件，可让读者探索原始的显微镜图像，而非通常看到的经过处理的压缩文件。一个相关的工具——图像数据资源，可为发表在任何期刊的论文提供类似功能。可以看杂志的软件《自然》杂志也发表了交互性的数据，例如一篇描述“DNA元素百科全书”项目的论文。一位发言人称，该杂志正在研究若干其他交互代码和数字的选择方案。与此同时，研究人员经常从其文章链接到外部的可视化效果。

得克萨斯州休斯敦贝勒医学院的Erez Lieberman Aiden说，随着越来越多的期刊拥抱交互性，科学信息的呈现方式很可能会从根本上发生变化，它代表着可再现性的胜利。Aiden近日在《细胞》杂志的一项成果中发表了交互性的核染色质互动地图，他表示静态图标只是数据的一个方面。“有洞察力的读者需要具备能力得出自己的结论。”他说，“1974年阅读一篇论文的行为不应该与2017年阅读一篇论文的行为相同。”（晋楠编译）

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