可以看杂志的软件 新可视化工具使发表更具交互性再现性

当Benjamin Delory开始关于记录一种量化植物形态新方法的论文时，他意识到其中的一批数据可能会带来问题。该论文提出一个“持久性的条形码”来描述植物根系的分支结构。其中的挑战是如何解释它。德国吕讷堡大学博士后Delory说，该条形码的基础算法是“连续和动态的”。而表示动态的最佳办法“是让它动起来”。

科学数据被认为是典型的静态图像。但这些静态图像却与基础数据相互分离，这会阻碍读者更详细地探索它们，例如放大一些感兴趣的特征。对于那些需要将数百万个数据点填入仅有几厘米大的密集视觉效果的基因组学家来说，这会特别棘手。

对于计算机运算领域的研究人员来说也是如此。科学家经常会把软件放到开源程序库如GitHub等网站，但让该代码正常运行却是“说起来容易做起来难”。评审人以及感兴趣的人经常需要另外的软件和配置才能让这些算法运行。

一些期刊和平台正在通过支撑交互性数据和代码在弥补这一鸿沟。其中之一是F1000Research（F1000Research是针对生命科学研究者的开放研究发表平台），该平台去年曾与加拿大蒙特利尔计算机企业Plotly和美国纽约的一个机构代码海洋合作。正是因为这些功能以及F1000Research开放获取的思想，才让Delory及合作者把论文递交到那里。该成果已在1月发表。

交互出版

让读者可以深入到一篇文章中的基本数据的交互式图表是很多网站上频繁出现的特征，比如《纽约时报》和fivethirtyeight.com等网站，但这类图表在科学出版中却不常见。

代码海洋每月向学者免费开放10小时和50吉字节的存储空间；付费类则从每月19美元起步。它把代码、数据、结果和计算环境融合在一起，该计算环境可在一个含有复制作者计算配置的“计算胶囊”中执行任务。其他用户则可从代码海洋网站或是论文中的一个部件来下载、修改和运行该代码。

F1000Research现已经发表了6篇含有Plotly“活图表”的论文以及含有代码海洋小部件的5篇论文。今年，该期刊计划增加对交互式“蛋白质—蛋白质相互作用”地图的支持，这些地图是利用网络制图工具Cytoscape生成的。可以看杂志的软件

研究人员不必为感受到的复杂性困扰。据布鲁金斯南达科他州立大学计算生物学家Xijin Ge说，他在自己的一篇论文中就包含了交互式Plotly图表，创建相关数据仅需要一个额外代码行数。西澳大利亚大学海洋研究所和地球科学系珊瑚学者Tom DeCarlo已经为多个期刊创建了6个代码海洋项目，其中包括《古海洋学期刊》《古气候学期刊》和《生物地球科学杂志》。“我认为它对于科学交流和再现性非常重要。”他说。

开源方法

对于那些寻求开源计算替代方案的人来说，一个叫作Binder的工具可将任何包含Jupyter记事本（交错文档、代码和数据的文档）或R代码的公共GitHub存储库转换为一个包裹，从而可以让用户从其浏览器一端运行。用户只需在mybinder.org网站上把记事本存储库的地址输入到搜索栏中，该程序就能创建一个可共享的交互式工作区。圣路易斯奥比斯波加州州立理工大学Binder项目团队的Carol Willing说：“它真的适用于再现性，并且易于使用。”

瑞士苏黎世Binder项目团队成员Tim Head说，类似工具还可以简化同行评审。Head有点沮丧，因为此前他受邀审阅一篇期刊文章时不能使用该软件。“如果他们当时给我发送了Binder的连接，那么我们现在已经完成了。”他说。

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