dat什么文件格式 Bioconductor分析基因芯片数据第五章(8)

例5-16调用了GeneAnswers包实现了KEGG通路的注释、统计和可视化的给你。而且GeneAnswers功能强大，除了KEGG，还可以支持GO\REACTOME和CABIO等多个，可以通过设定参数categoryType分别指定注释类型。从例5-16最终结果可以看到每个显著性富集的通路；第2列”precent in the observed List"表示在观察到的基因列表中的比例；第3列“percent in他和genome”是在基因组中的比例；第4列“fold of overrepresents"是基因过表达的倍数；第5列”OddRatio"是超几何分布中的比值比；第6列“P.Value"是超几何检验的P值

可视化可以直观显示统计结果，帮助研究人员进一步理解实验结果并找到下一步工作的思路，因此可视化和统计分析密不可分。Bioncoductor的所有统计分析包几乎提供了相应的函数来显示数据分析结果。这里根据前面的分析结果，调用pheatmap包来绘制差异表达热谱（图5-20），调用Rgraphviz包来绘制显著富集的GO term的关系图；最后绘制显著富集的KEGG 通路的关系图和热图

实例3例5-24主要完成找到对比1和4之间、对比2和3之间共同表达的差异表达基因，对比5的差异表达基因，并对三组差异基因座注释和GO富集分析。每组数据输出三个HTML格式的报告文件，分别对应GO三个领域的富集分析的结果，该文件内容请看例5-15有详细介绍。由于pathway分析，特别是pathway的显示要占用较大内存资源，必须在Linux服务器上运行

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