常规稻品种淮稻5号和淮稻18号基于Indel的鉴定方法

常规稻品种淮稻5号和淮稻18号基于Indel的鉴定方法

【技术领域】

[p] [0001]本发明属于生物鉴定技术领域，涉及基于InDel标记的常规水稻品种淮稻5号和淮稻18的鉴定方法，即使用水稻的常规鉴定方法. DNA插入或缺失分子标记水稻怀道5号和怀道18号的方法.

【背景技术】

[0002]栽培稻（Oryzasativa L.）是世界上最重要的粮食作物之一，具有丰富的遗传多样性. 水稻品种鉴定对水稻遗传研究和品种培育具有重要意义. 报道的大多数鉴定水稻品种的方法是鉴定粳稻和in子亚种，例如基于形态学鉴定的“成氏指数法”（包括six性，酚反应，穗长，稻壳颜色，叶毛等六个特征）. 粒高比）和基于分子标记的粳稻－ identification稻鉴定方法. 识别特定品种是否为特定水稻品种的方法仅限于SNP芯片的方法，但是该SNP芯片价格昂贵，分析周期长，后续数据处理繁琐，无法获得检测结果. 在同一天.

[0003]淮道5号由江苏省徐淮区淮阴市农业厅选育. 它是一种高产，稳定，优质的新晚熟中粳稻品种. 它是江苏省于2000年批准的，批准文号为苏中审字358号. 该品种的株型相对紧凑，茎粗耐逆. 刀片直立. 分iller量为中至高，最高分number数为280,000 /亩. 茎和分ers整齐生长，穗率高达80％. 耳朵和谷物协调. 通常，每亩的耳朵数为220,000. 每只耳朵的谷物总数为110-130. 结实率超过90％，千分之重量约为28克. 它对细菌性叶枯病，稻瘟病和鞘叶枯病以及温和的稻叶枯萎病具有良好的抵抗力. 整个生育期约为150天，与五渔井3号相似. 后期颜色变化很好. 米饭的品质极好，米白色有光泽，味道也很好. 适合在我省淮南地区中高肥力条件下种植.

[0004]淮稻18号于2010年由江苏省徐淮市淮阴农业科学研究所和淮阴师范学院繁殖，由淮66 /徐23121育成. 这是一种晚熟中粳稻品种. 适合在江苏省苏中地区和宁镇杨丘陵地区种植. 该品种具有紧凑的植物型，生长力强，中穗型，分till能力强，叶色为绿色，后期填充快，成熟色好，抗倒伏性强等特点. 省级试验的平均结果为: 每亩有效穗数为22. 40000，每穗有效粒数114.1，结实率93.8％，千粒重28.3 g，株高96.0 cm，完整生育期154.6天，成熟期2天. 病害鉴定: 穗颈瘟损失率3，穗颈瘟综合抵抗指数4.25，中度感生细菌叶枯病，对叶枯病的抗性，条纹叶枯病，农业部批准的稻米质量理化指标2014年食品质量检验中心检测: 精米率为73.7％，白垩度为11％，白垩度为3.2％，凝胶稠度为69mm，直链淀粉含量为18.2％，达到国家标准适用于3级优质大米.

[0005]槐刀5和槐刀18具有相似的遗传背景，可能导致生产中的品种混淆. 传统的形态学识别方法时间长，错误率高. 有必要建立一种基于基因型的快速鉴定方法.

[0006] InDel标记（插入-缺失长度多态性），也称为插入-缺失长度多态性，由碱基序列的相对插入或缺失引起，并广泛分布在基因组中，长度范围从一个核苷酸到数百个核苷酸或甚至数万保留在InDel标签侧面的一对引物设计为一对引物. 通过PCR技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳，可以显示不同个体之间InDel位点的多态性，从而达到鉴定目的. 与广泛使用的SSR标记相比，InDel标记具有以下优点: （1）数目非常丰富，并且在每个染色体上分布广泛； （2）是共轭标记，符合孟德尔遗传定律； （3）设计简单，易于操作，良好的技术重复性和可靠的结果.

[发明内容]

[0007]鉴于传统形态学观察技术上难以区分的技术缺陷，本发明的目的是提供基于InDel的常规水稻品种淮稻5号和淮稻18的鉴定方法. 标记. 这些特异性引物用于鉴定常规水稻品种怀道5和淮道18，目的是利用已报道的特异性引物对，快速鉴定特定品种是否是新栽培的优质常规水稻品种怀道5和淮道18，基因组DNA提取. 在这项研究中进行PCR，然后通过聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染，可以在同一天获得该品种的鉴定结果，高效，准确，可靠.

[0008]本发明通过以下技术方案实现: 利用粳稻品种Nipponbare和the稻品种93-11的全基因组DNA序列的比较，获得了24对通过设计的特异性DNA引物. 插入/缺失差异片段，对槐岛5和槐岛18进行DNA提取，DN段扩增和电泳分离，电泳图谱分析，鉴定出槐岛5和槐岛18变种. 具体地，使用24对InDel引物组合，通过聚合酶链反应和凝胶垂直平板电泳获得的指纹图谱分析，根据24个InDel位点的电泳谱带图谱，确定是否为常规水稻品种怀道5和怀岛18;它们的特征是: 基于InDel标记的用于鉴定常规水稻品种怀大5号和怀大18号的InDel特异引物对描述如下:

基于InDel标记的上述常规水稻品种淮稻5号和淮稻18号的鉴定方法包括以下步骤: 步骤1: 选择水稻植株的任何器官或组织以提取总DNA. 步骤2: 用引物对扩增步骤1: DNA；步骤3: 对步骤2中描述的扩增产物进行凝胶电泳分析. 在24个位点上的结果完全一致，这与常规水稻品种Huaidao 5和Huaidao 18一样.

[0009]其中，第一步，总DNA的提取具体是指通过CTAB法提取核基因组DNA.

[0010]其中，在第二步中，扩增系统为: 20yL，包括30-50ng模板DNA，0.25单位的DNA聚合酶（神农游戏），2.0yL的lOXBuffer（含Mg2 +），2.0mM dNTPs2yL 扩增步骤: 94℃预变性5min； 94°C变性30 s，58°C变性30 s，72°C延伸30 s，32个循环；最后72℃延伸7分钟. 其中，在第三步中，凝胶电泳分析具体为: 在22V / cM的恒定电场强度下，经过12％变性聚丙烯酰胺凝胶后，在第二步中所述的扩增产物中加入适量的上样缓冲液. 电泳100分钟，出现银染；结合以上24对引物（上面的两条主要带和重组带），可以将含有水稻DNA的样品在不同的位点（引物对）扩增，并具有明显的多态性带型.

[0012]与现有技术相比，本发明具有以下有益效果: 1.利用在水稻全基因组特定位点差异设计的InDel片段的特异性引物，以-粳模式鉴定常规水稻怀倒5号和怀倒18号，方法简单，样品量少淮稻18号，准确度高，速度快； 2.基于PCR扩增反应，InDel片段序列的差异和PCR在at粳稻24个位点上的反应，反应快速，高效，可在短时间内准确鉴定出常规水稻品种淮稻5号和淮稻18号. 时间. 该方法简便，快速，具有良好的推广应用前景. 3，InDel标记旁保守序列的设计配对引物通过PCR技术通过聚丙烯酰胺凝胶电泳，可以显示不同个体之间InDel位点的多态性，从而达到鉴定目的； 4.使用的聚合酶链扩增系统是常规PCR系统不需要特殊的PCR仪器和特殊的反应试剂. 任何公司生产的任何PCR仪器和生物试剂公司生产的任何试剂均可用于实现该目的.

[图纸说明]

[0013]通过阅读参考附图对非限制性实施例的详细描述，本发明的其他特征，目的和优点将变得更加显而易见. 图1是PCR电泳图，泳道1至7. 水稻品种为9311，II优084，淮道18，悦泰A，悦优938，淮道5和Nipponbare. 从图1可以看出淮稻18号，槐刀18的基因型主要是粳稻背景（日本晴），

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