集群计算-qsub从节点提交作业时返回错误

我有一个在Torque / Maui系统下运行的复杂的fortran MPI应用程序. 当我运行我的应用程序时，它将产生巨大的唯一输出（？20 GB）. 为了避免这种情况qsub 投递任务指定节点，我制作了一个RunJob脚本，该脚本将运行分为5部分，每个脚本产生的输出更小且更易于处理.

当前，我的RunJob脚本在第一部分的末尾正确停止，并且还产生正确的输出. 但是，当它尝试重新启动时，会出现以下错误消息:

qsub: 作业执行错误的UID MSG = ruserok无法通过compute-0-0.local验证用户名/用户名

我知道此问题来自以下事实: Torque / Maui系统默认情况下不允许节点提交作业.

实际上，当我键入以下内容时:

qmgr -c“ l s” | grep allow_node_submit

我有:

allow_node_submit = False

我没有管理员帐户，只有一个用户

我的问题是:

>是否可以以用户身份在gmgr上设置allow_node_submit = true？这个怎么样 ？ （-我猜不是）

>如果问题1 =否，是否还有其他方法可以解决此问题？怎么样？

祝你一切顺利.

最佳答案

否，非特权用户无法更改排队系统的设置. 不允许从计算节点重新提交的通常原因是一个很好的理由-保护群集及其所有用户免受意外（或其他方式）提交脚本的麻烦，该脚本很快将失败并再次提交一次，或更糟糕的是，多次提交-快速填充调度程序和队列，生成等效于fork bomb的批处理队列. 即使有这样的限制，由于脚本错误，我们仍然使人们不小心一次提交了数千个作业.

通常的解决方案是ssh到队列提交节点之一，然后从那里提交脚本，例如在提交脚本的末尾:

ssh queue-head-node qsub /path/to/new/submission/script

例如，这是我们建议用户处理它的方式. 仅在群集中启用了无密码/无密码ssh的情况下才有效，这是一种常见（但不通用）的做法.

或者，如果这是一种常见情况qsub 投递任务指定节点，即仅自动提交一系列继续运行的作业，则可以查看如何处理网站上的作业相关性并提交作业队，每个作业取决于成功完成的作业最后，它将按顺序运行.

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