【Bcftools】通过bcftools合并不同样本的vcf文件

如果通过GATK调用获得的SNP文件使用的是UnifiedGenotype，则将SNP文件分为多个样本，但是如果使用vcftools或ANGSD，则Vcf文件需要为多样本. 在这里多个vcf文件合并，我们需要合并不同样本的文件. 通过vcftools的perl模块，该方法对perl的要求更高多个vcf文件合并，操作更为复杂. 在这里，我们选择使用易于操作的Bcftools.

分三个步骤:

压缩VCF，批量压缩方法:

bgzip -c -f -@ 10 merge.vcf > merge.vcf.gz
-c, --stdout            write on standard output, keep original files unchanged
-f, --force             overwrite files without asking
-@, --threads INT       number of compression threads to use [1]

2. 索引生成的vcf.gz:

bcftools index [options] <in.bcf>|<in.vcf.gz>
-t, --tbi            generate TBI-format index for VCF files

3. 合并操作:

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