蛋白质组研究的最新进展(2)

在第一篇文章中，约翰·霍普金斯大学的蛋白质组研究人员Akhilesh Pandey与印度生物信息学研究所等人的研究人员合作，分析了30种不同的组织类型，并从预期的84％的所有人类基因中翻译出一种蛋白质. 编码蛋白质.

该研究鉴定了17,294个蛋白质编码基因，并通过表达分析证明了组织和细胞特异性蛋白质的存在，研究人员还使用了来自假基因，非编码RNA和非翻译区的注释. 鉴定翻译的蛋白质证明了“蛋白质基因组”分析的重要性.

与此同时，在另一篇文章中，德国研究员慕尼黑工业大学的BernhardKüster等人创新地启动了一个可搜索的公共: ProteomicsDB，该发布了从18,097个基因获得的蛋白质，目前估计占92％人类蛋白质总数的百分之（19，629）. 该数据可用于鉴定数百种翻译后的lincRNA，对药物敏感的标记，以及发现组织中mRNA和蛋白质水平之间的定量关系.

这两个研究小组使用质谱分析人体组织. Pandey研究小组分析了崭新的数据，以来自许多不同健康人类组织的数据为目标，包括七个胎儿组织和六种血细胞类型.

库斯特研究小组使用的方法略有不同. 他们收集了现有的质谱数据和一些同事的成功数据，这些数据约占ProteomicsDB数据的60％. 为了填补这些数据之间的空白，Küster实验室构建了自己的质谱数据，分析了60种人体组织液，13种人体液和147种癌细胞系. 库斯特说，他们只选择高分辨率的公共数据，这些数据具有严格的计算过程和高质量的控制标准.

8. 细胞: iPS形成和蛋白质组变化的特定步骤

doi: 10.1016 / j.cell.2012.08.023; doi: 10.1016 / j.celrep.2012.10.014

iPSC具有与胚胎干细胞（ESC）相似的特征和功能，但是它极大地避免了ESC研究和应用中面临的许多道德和排斥等障碍，因此这项新技术提供了基于干细胞和再生的个性化治疗. 医学前景广阔. 诺贝尔奖获得者Yamanaka教授和许多后续研究表明，转录因子如Oct4，Sox2，Klf4和c-Myc（OSKM）在iPSC的形成中起着至关重要的作用，但是对于上述转录因子而言刺激iPSC的形成，其机制尚不清楚.

为揭开这个谜底，哈佛-马萨诸塞州总医院的两位著名科学家: Sridhar Ramaswamy和Konrad Hochedlinger对iPS细胞形成进行了转录分析，发现了一个双相过程. 其中，c-Myc / Klf4驱动第一波，而Oct4 / Sox2 / Klf4驱动第二波. 这种双相过程导致某些细胞难以重编程. 如果可以增加4个因子的表达，就可以解决此问题.

在另一篇文章中，研究人员使用一种称为深度定量蛋白质组学的方法来分析成纤维细胞重编程为iPS细胞过程中蛋白质组的变化. 蛋白质类型和数量的变化说明了重新编程的过程.

研究人员从6个时间段收集了样品进行分析: 蛋白质收集，在肽段上添加稳定的同位素标记，然后使用高通量纳米液相色谱-串联质谱法进行分析，发现重新编程的程序在第二天和倒数第二天，蛋白质组的两步重置过程出现了. 这些蛋白质以高度协调的方式变化，并且出现了一些生物学过程，例如电子传输链复合物的电化学变化. 中间阶段的囊泡运输，最后阶段的EMT样过程等.

该研究基于定量蛋白质组学，进行了（8000种蛋白质）和（7个数量级）分析，明确指出重编程过程是一个多步骤过程. 部分研究集中在初始阶段，该研究发现了前三天和后十二天的变化. 分析微妙的中间阶段将进一步加深我们对细胞重编程机制的了解.

9. 糖尿病: 尿蛋白质组学可用于糖尿病肾病的早期诊断

doi: 10.2337 / db12-0348

糖尿病肾病（DN）是一种进行性肾脏疾病，是长期高血糖引起的糖尿病的重要并发症. 在西方国家，糖尿病肾病是最常见的透析原因. 糖尿病肾病的早期发现可能能够使用药物干预，从而延迟或避免肾脏替代治疗. 为此，德国研究员ZürbigP进行了一项关于使用尿蛋白质组学诊断糖尿病性肾病（糖尿病性肾病早期诊断的尿蛋白质组学）的研究. 研究结果发表在2012年12月的《糖尿病》上. 糖尿病的影响因子是8.1.

该研究使用毛细管耦合质谱（CE-MS）分析尿液中的小分子量蛋白质组. 选择了35例1型和2型糖尿病患者的尿液标本进行研究. 所有受试者的尿液标本均以慢性肾功能不全的生物标志物分类器作为诊断糖尿病肾病的标准.

研究发现，与使用尿白蛋白作为糖尿病肾病的标准（AUC 0.67）相比，使用毛细管耦合质谱法（CE-MS）可以在出现大量糖尿病前5年检测出阳性结果. 蛋白尿（AUC 0.93）. 经过统计分析，得出的结论是，先前诊断为慢性肾功能不全的生物标志物分类器作为诊断糖尿病肾病的标准已过时. 在白蛋白分泌增加之前，胶原蛋白片段已经开始减少. 因此，胶原蛋白片段是3-5年前发生大量蛋白尿的主要标志.

10. PLoS ONE: 蛋白质组学研究的新技术方法

doi: 10.1371 / journal.pone.0046530

岛津全球应用技术开发中心的赵宁伟的研究团队在蛋白质组学研究方面取得了新的进展. 他们描述了一种新的融合免疫沉淀，蛋白质电泳，纳升液相和液质离子阱飞行时间质谱法，用于分析小鼠烧伤模型血清中的β-Catenin蛋白复合物. 结果，发现了三种具有显着差异表达的伴侣蛋白. 实验表明，免疫沉淀结合电泳一级分离和纳升液相二级分离的检测方法可以扩展到更广泛的体内蛋白质复合物研究领域，不仅有效提高了蛋白质识别的灵敏度，而且大大提高了蛋白质识别的灵敏度. 减少了蛋白质序列的覆盖范围和Mascot的统计评分，从而最大程度地减少了蛋白质组学研究对质谱的长期批评，即对蛋白质识别的假阳性.

这项工作是由赵宁伟的研究小组，江苏省中医院药理学系，南京大学药物生物技术国家重点实验室和温州医学院附属第一医院完成的. 作为蛋白质组学研究的一种新技术手段，《 PLoS ONE》杂志将在生物标志物发现和细胞信号转导领域中具有广阔的应用前景.

11. MCP: 鉴定小鼠胚胎成纤维细胞和人类胚胎干细胞分泌的蛋白质组

doi: 10.1074 / mcp.M112.020503

北卡罗来纳州立大学的研究人员已经开发出一种新技术来鉴定细胞分泌的蛋白质. 这种新方法应有助于研究人员收集细胞生物学中的准确数据.

在这项新研究中，研究人员基于每个细胞都利用其分泌途径包裹其蛋白质这一事实，开发了这种新方法. 每个细胞合成一种蛋白质，然后以这种方式转运: 将其包裹在袋状膜中，最后将其转运出细胞.

在这项新技术中，研究人员收集细胞样本并分离出分泌途径中含有蛋白质的细胞器. 然后，他们使用质谱分析这些细胞器中的物质，以了解细胞分泌的蛋白质是什么. 通过这种方法，他们能够鉴定小鼠胚胎成纤维细胞和人类胚胎干细胞分泌的蛋白质.

12. MCP: 开发了蛋白质组学技术来检测细菌蛋白的分泌

doi: 10.1074 / mcp.M112.017533

最近，巴黎圣母大学Aike研究所的研究人员开发了一种可以直接检测细菌分泌蛋白的新方法，这可能为治疗包括结核病在内的许多疾病提供新的思路和方法. 相关研究结果发表在国际期刊《分子和细胞蛋白质组学》上.

研究人员冠军指出，细菌可以利用多种分泌系统来通过细胞膜转运蛋白质，从而与外部环境相互作用. 对于与结核分枝杆菌结合的致病细菌，这些系统可以转运蛋白质以促进细菌与宿主细胞的反应，从而触发机体产生毒性表现.

研究人员使用MALDI-TOF质谱法专门修饰细菌蛋白质组学，从而使科学家能够使用激光使蛋白质离子化，从而实葡萄球菌结合的主要毒性决定蛋白.

参与和媒体合作:

Jusaibo

电子邮件: saibo.zhu@medsci.cn

M t: 150 2126 9895（手机号码）183 5368 9926（微信号）

赞助和会议咨询:

彭平

电子邮件: ping.peng@bioon.com

本文来自电脑杂谈，转载请注明本文网址：
https://www.pc-fly.com/a/jisuanjixue/article-228151-2.html