ucsc_加州大学圣克鲁兹分校_ucsc genome 知乎

这个也是读者来信最多的，关于基因组某些区域的起始终止坐标的下载问题，genomic feature的问题，一般是gtf文件或者bed文件，比如人类hg19上面的所有外显子的坐标记录文件，所有基因的坐标记录文件，所有lncRNA，rRNA等等，我这里拿CpG Islands记录文件下载的4种方式举例子给大家说明一下：

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DNA元件百科全书(Encyclopedia of DNA Elements, ENCODE)ENCODE计划的重要性我就不多说了，如果大家还不是很了解，可以直接跳到本文末尾去下载一下ENCODE教程，好好学习。该计划采用以下几种高通量测序技术来刻画了超过100种不同的细胞系或者组织内的全基因组范围内的基因调控元件信息。本来只是针对人类的，后来对mouse以及fly等模式生物也开始测这些数据并进行分析了， 叫做modENCODE

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customTrack，我这里翻译为自定义的测序片段示踪文件，可以追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域，或者追踪参考基因组的各个区域的覆盖度，测序深度！翻译自： 这个非常有用！！！

UCSC提供的GenomeBrowser工具非常好用，可以很方便的浏览我们的测序数据在参考基因组的比对情况，由于定义好了一系列track的文件格式，用户可以非常方便的上传自己的track文件，但是如果用户超过48小时没有浏览自己的数据，UCSC会默认删除掉这些数据，除非用户已经保存在session里面。或者用户可以分享这些自定义的reads示踪文件customTrack。

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我们一般会熟悉sam/bam格式文件，就是把测序reads比对到参考基因组后的文件！bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域，而UCSC规定的这几个文件格式(wig、bigWig和bedgraph)用处不一样，仅仅是为了追踪参考基因组的各个区域的覆盖度，测序深度！而且这些定义好的文件，可以无缝连接到UCSC的GenomeBrowser工具里面进行可视化！

对SE数据，可以用macs2 pileup --extsize 200 -i $sample.bam -o $sample.bdg 把bam文件转换为bedgraph文件，不需要call peaks这一步骤。ucsc

而UCSC的ftp里面可以下载bedGraphToBigWig $sample.bdg ~/reference/genome/mm10/mm10.chrom.sizes $sample.bw 把bedgraph文件转换为bw文件，其余的转换工具都可以下载。

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我是受到了SOAPfuse的启发才想到整理各种基因组版本的对应关系，完整版！！！

以后再也不用担心各种基因组版本混乱了，我还特意把所有的下载链接都找到了，可以下载任意版本基因组的基因fasta文件，gtf注释文件等等！！！

但是UCSC的版本就简单了，就hg18,19,38, 常用的是hg19，但是我推荐大家都转为hg38

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