blast2go_blast2GO_blast2go所属机构

blast2go

安装完毕后进入mysql中建立个新用户sa(注：用户名随意)密码123（随意）

mysql>create user sa identified by '123';

并附权限。blast2go

mysql>grant all on *.* to 'sa'@'%';

因为在后来的最后一步解压idmapping.tb.gz需要直接密码登陆，root账号则无法通过直接使用密码登陆，此时需要使用sa账号。

2.本地化架构

由于blast2go太大，请务必将my.ini文件的datadir设置到一个空间足够的磁盘，例如我的E盘有100G可用空间，设置如下：

datadir="E:/mysql/data\"

下载并解压以下和文件（访问官网）：

local_b2g_db.zip、 b2g4pipe_v2.5.zip、 gene_info.gz、 gene2accession.gz、 idmapping.tb.gz、

go_201301-assocdb-data.gz

1）执行b2gdb.sql用以创建b2gdb和一些Table：

mysql -h localhost -uroot -p< E:/b2gdb.sql

输入密码

此时可以通过下面命令查看已经创建了的：

mysql -uroot -p 并回车

输入密码

mysql> show databases;

可以看到b2gdb已经被创建。

2）导入上述已下载并解压了的：

为了保证后面步骤的简约，建议先进入存放的文件夹，比如我的解压后的数据位于"D:\b2g\"，在CMD下输入：

C:\Users\NCRNA> D:

D:\> cd b2g

D:\b2g> mysql -s -h localhost -uroot -p b2gdb < go_201409-assocdb-data

输入密码

(耗时约4天左右，产生171G文件，这个时间主要依据各个机子配置不同，需要耐心，如果配置好 根据网上查到基本可以10几个小时以内。)

D:\b2g> mysql -h localhost -uroot -p b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene2accession' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY \"\t\" LINES TERMINATED BY \"\n\";"

输入密码

(耗时约1小时，文件保持171G)

D:\b2g> mysql -h localhost -uroot -p b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_info' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY \"\t\" LINES TERMINATED BY \"\n\";"

输入密码

(耗时约10分钟，文件保持171G)

4）最后一次配置：

将下载的b2g4pipe解压。位置在E:\b2g4pipe

D:\> E:

E:\> cd b2g4pipe

E:\b2g4pipe> java -cp blast2go.jar;ext\mysql-connector-java-3.0.11-stable-bin.jar es.blast2go.prog.util.ImportPIR D:\b2g\idmapping.tb localhost b2gdb sa 123 TRUE

此时如果上面命令正确的话，将得到下面的提示信息：

Starting to import D:\b2g\idmapping.tb to b2gdb@localhost with user sa

Open database connection to database b2gdb on localhost as sa with password starts with ****

Open database connection to database b2gdb on localhost as sa with password starts with ****

否则

Database or network connection (timeout) error for: localhost

Database or network connection (timeout) error for: localhost

Import gi-uniprot mapping: Could not connect to DB

Could not connect to DB

Import of gi-uniprot mapping finished

我第一次配置出现这问题，解决方法就是之前说的新建sa用户 并附所有权限。

注意这里用的是sa用户，不要用root 否则无法通过。

大约花费了一天时间，成功导入

Imported 40344363 gi-uniprot mappings to the DB.

Imported 40344363 gi-uniprot mappings to the DB.

Import of gi-uniprot mapping finished

恭喜你，blast2go本地化顺利完成！

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