pdf文档转换成excel R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、

刘永鑫，博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，目前主要研究方向为宏基因组学数据分析方法、培养组学方法优化。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前关注人数1.5万，累计阅读超百万。

公众号：宏基因组(meta-genome)

写在前面

个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。

之前分享过我个人的《Shell语言》和《Perl语言》脚本写作模板，今天再分享一下我的R语言模板，一次性解决困扰新手的众多问题，如包安装、命令行参数解析、文件读取、Anova组间统计和箱线图展示、表格和矢量图输出等。

希望对新手有所帮助！老司机尽情拍砖，指导我写出更好用、更规范的脚本。pdf文档转换成excel

模板主要内容

此模板主要以下分为5部分：

1. 程序功能描述和分析思路

每次写脚本，一定要写清楚程序的功能、实现的主要步骤，每个参数的详细说明和使用示例。如果英语描述不方便理解，建议中英文全写，方便自己和同行快速理解。千万要认识写清楚这些，现点养成好习惯，将来节省的时间会更多。

2. 依赖关系检查、安装和加载

R己有过万的可用包，很少需要我们开发新功能。每次需要加载需要的包，但没有会报错，直接安装又不会提醒导致重复安装浪费时间。我添加判断R包是否安装的代码，当R包缺失时会自己动从CRAN安装。对于CRAN没有的包，也提供了Bioconductor和Github安装代码，只需手动修改包名安装即可。

此步还包括加载了optparse包后，对命令行的解析，以及在屏幕上显示参数，让用户校验是否正确。

3. 读取输入文件

R用于作图，读入最多的是制表符分割的表格。我提供了使用rnorm生成的测试数据，并输入了测试文件，其实这种方式在程序测试、教程和实验分析对照中也是很常用的。

同时提供了read.table读取文件，或read.table(file.choose())弹窗选择输入文件两种方式。

4. 统计与绘图

这其实才是正文部分，用户根据自己的需求编写代码分析数据，完成工作。本模板以anova组间比较，和箱线图展示为例，方法大家测试工作过程。pdf文档转换成excel

表1. Anova分析测试数据结果

A vs Bdifflwruprp adj

图1. 箱线图展示组间比较，且按组分配不同的颜色和形状(方便多组时区分)，并添加统计p值。

5. 保存图表

分析的结果最重要的工作是保存图表，用于进一步分析和论文写作。本模板提供了输出表格的代码，并解决了存在行名输出时，文本文件在Excel中打开列名位置串一格的问题(R表输出时行/列名交叉点为空)。图片建议一律输出PDF格式，主要控制图片的长宽即可，不存辨率的问题，后期AI修改组合非常方便。杂志也更喜欢，因为他们接收后修改方便。

模板使用方法

保存文末的全部代码，推荐在Rstudio中保存文件名为template.r，可以逐行运行学习，体会常用功能。

命令行中使用

# 方法1. 直接使用R执行R template.r# 调置输入数据文件，输出图表文件名前缀R template.r -i data_table.txt -o output# 方法2. 添加可执行权限和环境变量chmod +x template.r# 链接至有权限写入的环境变量目录，如我的是~/bin/ln `pwd`/template.r ~/bin/# 任何地方可以直接调用此脚本template.r -i data_table.txt -o output

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