python 安装教程 R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、(2)

程序运行结果如下：

[1] "The input file is data_table.txt"[1] "The output file prefix is output"[1] "The output table is output.txt"[1] "The output figure is output.pdf"

文中把每个段落用if条件语句控制是否执行。方便读者开、关功能代码段。

用户还可根据自己的需求添加段落，再也不要为找常用语句的写法到处搜索了，有了模板，常用语句段落直接复制、修改，快速实现自己的工作！！！

模板全部代码及讲解 #!/usr/bin/env R# 1。 程序功能描述和主要步骤# 程序功能：Anova组间统计和箱线图展示# Anova functions: Calculate pvalue of groups by aov and TukeyHSD# Main steps: # - Reads data table input。txt# - Calculate pvalue and save in output。txt# - Draw boxplot and save in output。pdf# 程序使用示例# USAGE# Default# anova。r -i data_table。txt# -o otuput filename prefix for output directory name # 参数说明# Options# -i/--input 输入数据表文件 input。txt# -o/--output 输出结果文件名前缀 output_prefix, 通常会有统计表txt和矢量图pdfoptions(warn = -1)# 2。 依赖关系检查、安装和加载# See whether these packages exist on comp。

If not, install。package_list <- c("optparse","reshape2","ggplot2","ggpubr")for(p in package_list){ if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character。only = TRUE, quietly = TRUE, warn。conflicts = FALSE)))){ install。packages(p, repos="http://cran。r-project。org") suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character。only = TRUE, quietly = TRUE, warn。conflicts = FALSE))) }}# 另两种常见R包安装方法if (FALSE){ # Bioconductor安装 source("https://bioconductor。org/biocLite。R") biocLite(c("reshape2")) # Github安装 install。

packages("devtools", repo="http://cran。us。r-project。org") library(devtools) install_github("kassambara/ggpubr")}# 清理工作环境 clean enviroment objectrm(list=ls()) # 加载依赖关系 Load essential packageslibrary(optparse)library(reshape2)library(ggplot2)library(ggpubr)# 解析命令行if (TRUE){ option_list <- list( make_option(c("-i", "--input"), type="character", default="input。txt", help="Input table file to read [default %default]"), make_option(c("-o", "--output"), type="character", default="output", help="output directory or prefix [default %default]"))opts <- parse_args(OptionParser(option_list=option_list))# 显示输入输出确认是否正确print(paste("The input file is ", opts$input, sep = ""))print(paste("The output file prefix is ", opts$output, sep = ""))}# 3。

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