venn diagram怎么做_venn diagram英语解释_venn diagram怎么读

使用limma包 #安装limma包

#source('http://.bioconductor.org/biocLite.R')

#biocLite('limma')

#载入limma包

library(limma)

hsb2 《- read.table('http://.ats.ucla.edu/stat/R/notes/hsb2.csv',sep=',', header=T)

attach(hsb2)

hw 《- (write《=60)

hm 《- (math 《=60)

hr 《- (read 《=60)

c3 《- cbind(hw, hm, hr)

a 《- vennCounts(c3)

vennDiagram(a, include = 'both', names = c('High Writing', 'HighMath', 'High Reading'), cex = 1, counts.col = 'red')

使用gplots包 #安装gplots包

#install.packages('gplots')

#载入gplots包

library(gplots)

oneName 《- function()paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse='')

geneNames 《- replicate(1000, oneName())

GroupA 《- sample(geneNames, 400, replace=FALSE)

GroupB 《- sample(geneNames, 750, replace=FALSE)

GroupC 《- sample(geneNames, 250, replace=FALSE)

GroupD 《- sample(geneNames, 300, replace=FALSE)

input 《-list(GroupA,GroupB,GroupC,GroupD)

venn(input)

使用venneuler包 #安装venneuler包

#install.packages('venneuler')

#如果遇到rJava安装失败的问题，Ubuntu用户尝试可以通过以下方式解决

#sudo apt-get install r-cran-rjava

#载入venneuler包

library(venneuler)

m 《- data.frame(elements=c('1','2','2','2','3'),sets=c('A','A','B','C','C'))

v 《- venneuler(m)

plot(v)

m <- as.matrix(data.frame(A=c(1.5, 0.2, 0.4, 0, 0), B=c(0 , 0.2,0 , 1, 0), C=c(0 , 0 , 0.3, 0, 1)))

# without weights

v 《- venneuler(m > 0)

plot(v)

# with weights

v 《- venneuler(m)

plot(v)

使用VennDiagram包 #安装VennDiagram包

#install.packages('VennDiagram')

#载入VennDiagram包

library(VennDiagram)

venn.diagram(list(A=1:10,B=3:8,C=6:9),fill=c('red','green','blue'), alpha=c(0.5,0.5,0.5), cex=2,cat.fontface=4, fontfamily=3, filename='VennDiagram.tiff')

建议用后面三种方法，最多能画5 sets，limma方法最多只能画3 sets

参考资料 Calculates Venn and Euler Diagram

How can I generate a Venn diagram in R?

R绘图基础（五）文氏图vennDiagram

如何制作发表质量的Venn（维恩）图

Non-R Venn Diagrams

还有一些有趣的Venn图

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